目前，國內現有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術普遍存在著發(fā)酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環(huán)境產生嚴重影響。同時發(fā)酵生產受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導致設備無法處理糞便的現象。發(fā)酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數量多。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。
需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環(huán)境，盡量保存在陰涼干燥處。 此外，在施用菌肥時，應避免與農藥等化學物質混用，以免發(fā)生不良反應。
微生物菌肥，富含多糖類、生物堿類、類、腐殖酸類、海藻素等高能量物質以及鉀、鈣、鎂、磷、硫、鐵、鋅、硼、硒、硅、錳、鉬等礦物元素。通過提高作物葉片中葉綠素的含量達到營養(yǎng)復壯、提質增產的效果，通過提高作物體內的酶活性達到、抗逆性的作用；多種有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透氣性，提高土壤中有機質的利用率，通過生物菌的固氮、固碳功能為作物補充營養(yǎng)。
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